好氧发酵的缺点

①设备投资巨大，如果采用浅层发酵法，依靠空气对流来导入空气，则占地面积大，只能辅成5公分左右进行发酵。

②技术要求高，一般人无法掌握。
④易污染杂菌，成功率不高，常常有氨气产生。

⑤物料损耗大，不能起到保存作用，如100斤的物料发酵虽然发酵可提高5%以内的菌体蛋白，但好氧发酵的细胞壁很厚，因而很难利用微生物菌体蛋白质，或者说其菌体蛋白消化吸收率不高。