果胶酶包括两类，一类能催化果胶解聚，另一类能催化果胶分子中的酯水解。其中催化果胶物质解聚的酶分为作用于果胶的酶（聚甲基半乳糖、醛酸酶、醛酸裂解酶或者果胶裂解酶）和作用于果胶酸的酶（聚半乳糖醛酸酶、聚半乳糖醛酸裂解酶或者果胶酸裂解酶）。催化果胶分子中酯水解的酶有果胶酯酶和果胶酰基水解酶  。

一般为灰白色粉末，或棕黄色液体。商业用果胶酶的有效成分主要有三种酶。一种是果胶甲酯酶主要作用为催化甲酯果胶以脱去甲酯基，产生聚半乳糖醛酸苷键。

果胶酶能破坏果汁中的悬浮物的稳定性，使其凝聚沉淀，得到澄清果汁；果胶酶处理超滤膜能提高果汁超滤的通量，缩短超滤时间；经果胶酶处理的果汁比较稳定，浓缩后不再发生浑浊；在葡萄酒酿造中加入果胶酶能起到提高葡萄酒得率、澄清效果和过滤速度作用