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木瓜蛋白酶应用于植物蛋白水解。如小麦、大豆、玉米蛋白等。
如：小麦蛋白浅度酶解生产仔猪膳食补充剂
小麦蛋加水至浓度为20%~30%，按800~4000U/g小麦蛋添加本品，pH自然，于45℃~50℃下搅拌酶解0.5~4h，酶解液咸鲜、无苦味，喷雾干燥得到的改性小麦蛋白具有良好的分散性，其中可溶性多肽占40~60%，易于吸收利用，仔猪饲料中添加2.0~5.0%的浅度小麦蛋白可有效预防腹泻、促进仔猪生长。
?小麦蛋白深度酶解生产鲜味肽和美拉德反应基料
小麦蛋经有机酸或还原剂预处理后加水至20~30%的浓度，按800~1600U/g谷朊粉加入本品，在自然pH下，于45~55℃与其他蛋白酶联用复合酶解2~6h，水解利用率达80~85%，水解度达25%~40%，酶解液无苦味且具有独特的呈鲜作用，可作为新型的鲜味剂和优良的美拉德反应基料。

木瓜肽酶水解温度55度 , pH值为7，对光、热、重金属敏感，因此限制了它的使用面。氨肽酶是一种能够对多肽类的键自N-末端连续水解的外肽酶，羧肽酶A对大部分的水解有催化作用，羧肽酶B则仅对C端有赖氨酸和的多肽键进行水解。因此，木瓜肽酶非常适合用于生产低肽类食品，水解度高，底物水解后氨基肽氮高，得率高。

木瓜蛋白酶在鸡肉水解的应用：鸡骨架绞碎，加水1~2倍，按800~2000U/g鸡骨架添加本品，50℃~65℃下搅拌酶解2~4h可以将蛋白全部液化，酶解液鲜美、无苦味，适用于鸡粉、鸡肉抽提物和鸡肉香精反应基料的生产。

木瓜酶是一种含疏基（-SH）的植物蛋白酶，作为酶制剂，它属生态制剂，是一种绿色环保型的饲料添加剂，安全、无毒，具有蛋白酶和酯酶的活性，对动植物蛋白、多肽、酯、酰胺等有较强的水解能力，其生化作用类似动物消化酶作用，使不易吸收消化的大分子蛋白物质水解成，利于蛋白质的吸收和利用。幼龄动物、老弱动物以及人工喂养的动物时常是缺乏这类消化酶，通常会影响动物的生长，也影响饲料利用率。尤以鱼、虾这些对蛋白质要求高的动物的饲养更需要这种酶。将其加入饲料配方或直接混合在饲料里能提高日粮消化率和转化率，从而降低饲料成本。其使用效果受到动物种类、年龄、生理状态、日粮原料组成及其配比、和添加水平加工储藏条件等诸多因素的影响，可广泛用作喂养猪、牛、羊、鸡、鸭、鹅、虾、鳗鱼、奶牛等的饲料添加剂。
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