我国工厂养殖目前受水处理成本的压力，仍主要以流水养殖、半封闭循环水养殖为主，真正意义上的全封闭循环水养殖企业较少。流水养殖和半封闭养殖方式产量低（单位水体产量10—15千克/平方米·年）、耗能大、效率低，与先进国家技术密集型的循环水养殖系统相比，在设备、工艺、产量（先进技术的产量达100千克/平方米·年以上）和效益等方面都存在着相当大的差距。

淡水工厂化循环水养殖设施技术领域已具有一定的应用水平，在系统的循环水率、系统辅助水体的比率等关键性能方面基本接近国际水平，但是在生物净化系统的构建、净化效率和稳定性、系统集成度、系统稳定性等方面还存在着的差距。

目前已经在广东、新疆、重庆、湖北、上海等地建立了多个工厂化循环水养殖示范基地，示范面积达到6000多m2，并将研究得到的成果成功应用于循环水养殖系统的构建中，并取得了良好的收益。