益生元与益生菌都会影响肠道菌群的平衡但影响的方式完全不同关键区别在于益生元作用于本已存在于肠内的菌群而益生菌是外部添加的细菌。除了这点区别还应该注意以下几点

1益生元作为模拟母乳中的低聚糖以未经消化的形式进入胃肠道通过降低PH值促进双歧杆菌等有益菌的生长间接地促进胃肠道健康和营养素的吸收。

2益生菌是外源细菌作用更直接。但是它有较明显的针对性即针对不同的病因及体质添加不同的菌种如双歧杆菌对胃肠道疾病有显著功效等。

3在胃部强酸性的环境下外来细菌的存活性会受到考验因为只有活着进入胃肠道的有益菌才能发挥功效有的益生菌株不能经受胃酸(强酸环境)和肠液(碱性环境)的腐蚀而益生元不是生物不存在存活率的问题。

4免疫系统对于由外部而来的益生菌有识别的过程当外部直接添加益生菌时不同体质的人体可能会产生不同的反应。