施用有机肥后微生物的数量明显增加，距离施有机肥处近的土壤尤为明显，这对加速有机态养分的释放，活化土壤中的养分有良好的作用。此外，有机肥还能减少某些作物的病害。

有机肥在农业生产中施用所显示的优点还包括：

1、营养平衡，促进作物生长，增产明显，肥效高；

2、改善农产品品质；

3、抑制病原菌，减轻病虫害；

4、疏松、改良土壤，减少土壤中硝酸盐的污染；

5、增加作物对水分的吸收、增强作物抗旱及抗倒伏能力；