小作坊许可证办理流程如下：

1、申请。申请人在相关政务系统中填报申请资料；

2、受理。对申请资料进行审查，对符合要求的出具受理通知书；

3、审核。受理后，由许可审查中心人员上门进行资料和现场审核；

4、审批。依据审核结果作出准予行政许可的审批决定；

5、发证。核发食品生产许可证，并全网公示许可信息。