理化性质除了水解肽键外，还具有水解酯键、酰胺键的能力，一般在pH5~10时较稳定,由于缺少半胱氨酸形成二硫键,故能被来自马铃薯、大豆、大麦的蛋白酶抑制剂所抑制,但不被疏基试剂金属鳌合剂EDTA所抑制,Ca2+对此酶有一定的稳定作用,苯甲磺酰氟(PMSF)和其它磺酰卤化物可引起碱性蛋白酶失活,另外,碱性蛋白酶的活性中心含Ser这一重要特征决定了其遇到作用于Ser的试剂如二异丙基氟磷酸(DFP)便失活。碱性蛋自酶对底物有高度专一性,只能水解蛋白质肤链,而不能水解淀粉、脂肪等其它物质,但是有可能水解多种蛋白质,另外,不同Chemicalbook的碱性蛋白酶具有对切开点按基侧的专一性,如枯草杆菌碱性蛋白酶对酸性残基的专一性等。

一些复方天然酵素，以高单位SOD酶为主要配方，不仅可用于脑、心、肝、肾等重要脏器的辅助，在方面的使用也取得了的成效。另外，还利用酶的竞争性抑制的原理，合成一些化学药物，进行抑菌、杀菌和等的。如酶补脾补肾在等问题上，也有较好的调理。而磺胺类药和许多素能抑制某些细菌生长所的酶类，故有抑菌和杀菌作用；许多物能抑制细胞内与核酸或蛋白质合成有关的酶类，从而抑制的分化和增殖，以对的生长；硫氧嘧啶可抑制碘化酶，从而影响甲状腺素的合成，故可用于甲状腺机能亢进等。