在果糖产量越来越大的同时，其独特的优点也逐渐显现。果糖与传统的天然糖之间最大的区别就是升糖指数低，即GI值低，GI（Glycemic Index）是反映食物引起人体程度的指标。实验证明，在同等条件下，如果将食用葡萄糖后所产生的指数当作100的话，那么食用果糖后，人体的指数仅为23，甚至有的能低至19，而蔗糖则高达65。也就是说，食用果糖后人体血糖的升高程度要远远低于其他传统的天然糖品，也因此，果糖以及相关制品被广泛应用于与者的饮食结构中。

此外，果糖的口味和甜度也优于传统糖，不仅自身具有水果香味，并且甜度高，其甜度达到了蔗糖的1.8倍，为天然糖中的糖类。因此，只需要较少的用量，就可以拥有与其他糖类相同的甜度，进而满足味觉享受。至于果糖不易导致的原因，实际上是因为果糖比较不容易被口腔内的微生物分解和聚合，所以，食用后产生的几率就比葡萄糖或蔗糖等天然糖要小的多。