ε-聚赖氨酸为淡黄色粉末、吸湿性强，略有苦味。它不受pH值影响，对热稳定(120℃，20min)，故加入后可热处理。但遇酸性多糖类、盐酸盐类、磷酸盐类、铜离子等可能因结合而使活性降低。与盐酸、柠檬酸、苹果酸、甘氨酸和脂肪甘油酯等合用又有增效作用。由于聚赖氨酸是混合物，所以没有固定的熔点，250℃以上开始软化分解。ε一聚赖氨酸溶于水，微溶于乙醇。