被处理水由设备进水口进入反应器，按一定的速度从反应腔流过，水中的微生物受到高强度的UVC照射，微生物DNA、RNA内部结构遭到破坏，不能复制，从而在不使用任何化学的情况下，达到国家检验标准。
应用原理与日光灯相同，只是灯管内部不涂荧光物质，灯管材质采用紫外线器穿透率高的石英玻璃为保护外管，并利用核酸对低压谁银放电灯的人工波长为254nm的紫外线有极大吸收值时，破坏与核酸(DNA)的生命遗传物质，与分子内产生激烈的化学变化使其无法繁殖。原水处理设备能有效地消灭水中和，目前认为主要原因在于生成了密定二量体，另外，紫外线器在核酸内引起的“光水和反应”和核酸与蛋白质相互作用时的“光架桥反应”，也对其存在着某种影响。

过流式紫外线器应用范围：
食品加工工业水体，包括果汁、饮料、啤酒、及各类罐头、冷饮制品等用水。
电子工业用超纯净水。
医院、各类实验室用水，以及高含量致病体废水。
应用水，包括居民住户大楼、小区、办公大楼、旅馆、餐馆、自来水厂等。
水产加工净化、贝类净化、鱼类加工净化等。
军事营区、野外供水系统。
城镇污水，处理量可达每天100万吨以上。
游泳池、水上其它娱乐用水。
冷却水，包括火电、核电站冷却水、工业生产冷却水、中央空调系统冷却水。
生物、化学制药、化妆品生产用冷却水。
海水、淡水育苗、养殖(鱼、虾、贝壳类等)用水，总处理水可达每天20万吨以上。
农业用水，包括温室用水、灌溉等。