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果胶酶可催化果胶中的甲酯水解，以及将多聚半乳糖醛酸分解成较小分子多聚物。可作为饮料的澄清剂，也用于橘子脱囊衣等。我国规定可用于糖水橘子罐头(去囊衣)、果酒、果汁，按生产需要适量使用。

果胶酶是水果加工中 重要的酶，应用果胶酶处理破碎果实，可加速果汁过滤，促进澄清等。应用其他的酶与果胶酶共同使用，其效果更加明显，如秦蓝等采用果胶酶和纤维素酶的复合酶系制取南瓜汁，大大提高了南瓜的出汁率和南瓜汁的稳定性。并通过扫描电子显微镜观察南瓜果肉细胞的超微结构，显示出单一果胶酶制剂或纤维素酶制剂对南瓜果肉细胞壁的破坏作用远不如复合酶系。又如张倩等提出了一种新型果蔬加工酶—粥化酶（含有果胶酶、纤维素酶、半纤维素酶及蛋白酶等），可提高果蔬果汁的出汁率，增加澄清度，在果蔬加工中有广阔的应用前景。

外观呈褐色粉末状。果胶酶主要用于果蔬汁饮料及果酒的榨汁及澄清，对分解果胶具有良好的作用。

使用限量GB2760-1996：果酒、果汁、糖水橘子罐头(去囊衣)，均GMP(供发酵、澄清用)。食品添加剂最大允许使用量最大允许残留量标准▼▲添加剂中文名称允许使用该种添加剂的食品中文名称添加剂功能最大允许使用量（g/kg）最大允许残留量（g/kg）纤维素酶食品酶制剂按生产需要适量使用（有特别规定的除外）果胶酶食品酶制剂按生产需要适量使用（有特别规定的除外）