栀子蓝色素广泛用于硬糖、果胶、琼脂、布丁、马希马洛糖、饼干、松蛋糕、蛋糕预制粉、稀奶油、冰淇淋、乳制品、蔬菜、青豆等罐头、饮料、果汁等的着色，为蓝色着色剂。

栀子蓝色素因加工工艺的不同，可获得不同色调的蓝色素，颜色从天蓝色到海蓝色，还有耐酸性和不耐酸的品种，适合于不同的应用环境。

桅子蓝色素是采用生物工程技术制得的一种安全、无毒副作用的天然食用色素，为深蓝色粉末，易溶于水，我国于1990年在制定新增食品添加剂的使用卫生标准时将其列入，用于蛋白质、糖和淀粉等食品染色，特别是在配制酒的生产中，桅子蓝是石榴红等复配色素中不可缺的成分。早在上个世纪80年代 Fujikawa等就发现，在β-葡萄糖苷酶催化条件下，一分子的桅子苷会被水解生成一分子的葡萄糖和一分子的桅子苷元，如下继而桅子苷元与氨基酸反应生成桅子