发酵罐灭菌不彻底引起的染菌会在里2-3天内表现出来，表现是培养液逐渐变得浑浊，菌球形成和生长变慢，不同细菌从排气味道上表现的程度有所不同，必须要注意的是如果培养的是低温品种，如金针菇，有表现的时间会延后，甚至到接种前从宏观上也没有明显的表现，只有通过检测才能确定已经感染细菌了。解决办法：韩式发酵罐，检查灭菌锅程序、管路、电磁阀（气动阀）、温度传感器、压力传感器等。单体发酵罐，检查冷空气是否排净、管路灭菌是否达标等。经过排查还不能解决，就需要适当增加灭菌时间或者灭菌温度。

2、冷却

冷却过程引起染菌主要是因为冷却过程到压力“0”以前没有及时给发酵罐进气，造成负压，虽然管路都安装有单向阀，但是要知道单向阀不是绝对的，而且单向阀使用时间久了出现故障的可能性很高。一般因为冷却引起的染菌几率不高，染菌表现出来的时间比灭菌不彻底引起的染菌要晚一些。

解决办法：发酵罐冷却时安排专人负责，避免出现负压的情况，加强发酵罐管件的日常检查维护。