有机硅防水剂具有高渗透结晶膨胀封闭防水性能，不同的产品对应有不同的反应机理。小分子有机硅防水剂的反应过程，都经历了由小分子转化为硅树脂的过程。

能够使基材保持原有外观（一层新的保护外衣），毕并且能够适用于各种硅酸盐基材及建筑材料，使得整个防水剂体系的应用范围被不断拓宽。

许多需要进行防水处理但对外观色彩、关泽及观感效果不能被改变的基材更加需要有机硅防水剂，典型的例如色彩墙、装饰石材。又比如，古建筑的保护，古建筑的外观保护是非常关键的，文物学家一般不会采用涂料树脂等方式对其进行涂覆来达到保护的目的。

再比如，天然石，以及上釉的高级瓷砖及烧结砖等，外观的质感很重要，目前已经广泛采用有机硅防水剂。