对于饮用天然矿泉水，虽然大多数研究都否定铜绿假单胞菌天然存在于矿泉水水源中的可能，但从各国限定天然矿泉水水源不得检出铜绿假单胞菌的法规条款来看，这种致病菌对水源的污染确实存在。

有调查显示，水源水铜绿假单胞菌检出率明显高于成品水，水源水污染可能是成品水铜绿假单胞菌不合格的主要原因，况且水源污染不易发现，所以可能对生产造成更大的危害