1,4-二氧六环能与水任意混合，常含有少量二乙醇缩醛与水，久贮的1,4-二氧六环可能含有过氧化物。1,4-二氧六环的纯化方法，在500mL1,4-二氧六环中加入8mL浓盐酸和50mL水的溶液，回流6~10h ，在回流过程中，慢慢通入氮气以除去生成的乙醛。冷却后，加入固体氢氧化钾，直到不能再溶解为止 ，分去水层，再用固体氢氧化钾干燥24h。然后过滤，在金属钠存在下加热回流8~12h，最后在金属钠存在下蒸馏 ，压入钠丝密封保存。精制过的1,4-二氧环己烷应当避免与空气接触。1,4-二氧六环对地下水有着很大的危害。世界各地发生过数起1,4-二氧六环污染生活用水水源的事故。最著名的一起发生在美国密歇根州的安阿伯市（Ann Arbor）。从1976年到1985年，安阿伯市西郊的颇尔生命科学（Pall Life Sciences）公司用1,4-二氧六环作为过滤器原料，然而储存1,4-二氧六环溶液和废水的人工池塘发生了泄露，1,4-二氧六环流到草地里。而草地上的水经过泥土和砂岩的渗透，扩散到了安阿伯的地下蓄水层。颇尔生命科学所在地位于安阿伯地区主要河流休伦河（Huron River）的上游，因此1,4-二氧六环得以通过地下水和河流向整个安阿伯市甚至下游的伊普斯兰提（Ipsilanti）扩散开。1986年，当人们发现污染扩散的时候，整个安阿伯的蓄水层已经遭受严重污染。休伦河和其支流昂尼泉（Honey Creek）的1,4-二氧六环含量也严重超标。而这些都是安阿伯的饮用水源。更为严重的是，由于安阿伯位于地质学上密歇根盆地的边缘地区，地质历史丰富，且经历过冰川侵蚀，因此地下水层结构很复杂，对于治理1,4-二氧六环的污染十分不利。从1986年以后，当地郡级政府开始治理1,4-二氧六环污染，每年耗费500万美元，却成效不高。??