EDI在运行中，如果将较差的给水引进膜块，或者电源不足，就会增加维修工作量。给水中主要引起污染的是有机物、硬度和铁。给水硬度较高将引起离子交换膜浓水侧结垢，而使产水水质降低。给水硬度、溶解的 CO2 和高 PH 值会加速结垢，可以用适当的酸液清洗污垢。

清洗过程请参考EDI手册。

给水中的有机物污染，会在离子交换树脂和离子交换膜表面形成薄膜，因而将严重影响离子迁移速率，因此影响产水水质。当发生此现象时，淡水室需用适当的清洗剂清洗。有机物清洗过程请参考附录。如果 EDI 膜块在无电或给电不足的情况下运行，淡水室内离子交换树脂处于离子饱和状态，产水的水质会降低。为了再生离子交换树脂，将水流通过膜块，并慢慢增加电源供电电压，使被吸附的离子迁移出系统从而对树脂进行再生。树脂再生时，膜块应在较高电流和较低水流量的条件下运行。