分子筛具有均匀的孔结构，孔径的大小与通常分子相当；它们具有很大的表面积。而且表面极性很高；平衡骨架负电荷的阳离子，可进行离子交换；一些具有催化活性的金属也可以交换导入晶体，然后以极高的分散度还原为元素状态；同时分子筛骨架结构的稳定性很高。这些结构性质，使分子筛不仅成为优良的吸附剂，而且成为有效的催化剂和催化剂载体。

分子筛对于H2O、NH3、H2S、CO2等高分子极性具有很高的亲和力，特别是对于水，在低分压（甚至在133帕以下）或低浓度，高温（甚至在100以上）等十分苛刻的条件下仍有很高的吸附容量，对水或各种气，液态化合物可逆吸附及脱附，金属阳离子易被交换，分子筛内部空腔和通道形成非常高的内表面积，其内表面可高于分子筛颗粒的外表面积的10000-100000倍。

分子筛的一个重要性能是可以进行可逆的离子交换。通过这种交换，改进了分子筛的吸附和催化性能，从而获得了广泛的应用（如可用于软化水和废水处理）。