纳他霉素可防止乳酪在成熟时发霉，以限制霉菌毒素的形成。因它很难透入乳酪，只停留在乳酪表面，所以在控制乳酪表面霉菌生长很有优势，而且不影响乳酪的成熟过程。具体的应用方法有三种：1). 0.05%～0.28%纳他霉素喷于乳酪制品的表面2). 把盐渍后的乳酪在0.05%～0.28%浓度悬浮液中浸泡2～4分钟. 3 把 0.05%纳他霉素加到覆盖乳酪的涂层中。

月饼营养丰富，饼皮饼馅以及咸蛋黄都常会发生霉变。纳他霉素对月饼有良好的防霉效果。 使用时一般采用喷洒法: 将纳他霉素产品配制成0.02% ～0.04%的悬浮液，月饼烘烤后冷却至常温时，将 Natamycin的悬浮液喷涂在月饼的表面四周及底部，即可完成外部防霉。生咸蛋黄入炉烤至七八成熟，取出冷却后浸泡于Natamycin悬浮液中约2 分钟，即可防止蛋黄馅的霉变。

在室温较高的夏季，在酱油中添加 15ppm的纳他霉素，可有效抑制酵母菌的生长与繁殖，防止白花的出现。将纳他霉素和乳酸链球菌素结合起来应用于酱油防霉，可以更有效的抑菌，并降低抑菌浓度。