一、有益的微生物必须是活菌，施入土壤才能起作用。

二、菌肥和菌剂都不能与杀菌剂混用，杀菌剂既能杀有害菌，也能杀有益菌，杀菌剂与菌剂或者菌肥混用，会使杀菌剂和菌剂或者菌肥都起不到该起的作用。

三、 菌肥或者菌剂使用时都不能暴露的太阳下，必须用土覆盖，因为太阳光的紫外线有杀菌作用，会杀死生物菌。

四、温度过高。超过三十八度，或者过低，低于十五度，都不利于生物菌的繁殖，所以一般冬天或者早春时在露地上使用，效果不佳。

五、菌肥或菌剂施入土壤，必须覆土，浇水。

六、 菌肥或者菌剂不能与大量化肥同时使用，应该错开使用。高浓度的化肥会甚至杀死微生物活菌。

七、菌剂或者菌肥能在作物根系周围集中使用，使微生物在作物周围集中繁殖，不要随水冲施，随水冲施大大稀释了微生物菌种的浓度，微生物菌种在土壤中的密度不够，起不到有害菌的作用。