琼脂由琼脂糖和琼脂果胶(Agaropectin)两部分组成，是形成凝胶的组分，其大分子链链节在1，3苷键替换地相连的β-D-吡喃半乳糖残基和3, 6-α-L-吡喃半乳糖残基。而琼脂果胶是非凝胶部分，是带有葡萄糖醛酸和丙酮酸醛的杂乱多糖，也是商业提取中力图去掉的部分。

在工业上的琼脂色泽由白到微黄，具有胶质感，无气味或有轻微的特征性气味，琼脂不溶于冷水，易溶于沸水，缓溶于热水。