目前，很多制药企业存在如下问题：
1、消毒方式落后：
目前还采用化学试剂消毒或者紫外线消毒，消毒效果差，有残留，有死角。化学试剂杀菌与臭氧杀菌的对比：化学试剂一般都会伴随腐蚀性及毒性，试剂配比繁复。很多厂家可能还会专门配备一名化学试剂师。并且化学试剂使用后一般均会有残留及可能产生二次污染。而臭氧杀菌使用只需安装好设备（设置时间控制器，定时开机关机），即可完成杀菌。相比而言杀菌使用方便、无污染、无残留。
    而紫外线消毒速度慢，距离有限，臭氧的杀菌速度是紫外线的3000倍。
2、消毒净化不成系统
很多制药企业，往往只关注一个环节或者一个车间，不能形成系统的消毒净化。而制药生产是一个链条，原材料、库房、生产、包装、人员等各个环节都需要系统管控，才能形成一个良好的、洁净的生产链条。
3、采用的消毒设备不合格或者当摆设
因为缺少相关的规范，消毒设备也鱼龙混杂，往往食品企业因买到不合格的产品或者安装方式不对，或者操作方式不对，而认为没有效果或者效果不好。