（1）微生物：微生物通过直接和间接作用（加固氮、解磷、解钾和根际促生作用）影响到有机肥的肥效。

（2）有机质：C/N比、有机物中的硫代氨基酸等。

（3）养分：不同有机肥的组成，其养分含量和有效性不同，如含动物性废渣、禽粪等的有机肥，其肥效高于含畜粪、秸秆高的有机肥的肥效。

（4）钙：含钙量高的有机肥比含钙量低的有机肥具有更强的抗病作用，进而肥效较高。

（5）有机肥的腐熟度：未完全腐熟的有机肥对土壤微生物的影响大，特别是对微生物量、区系、密度、拮抗菌等影响大，进而导致肥效降低。